La Facultad de Química diseñó un Sistema de Garantía de Calidad (SGC) que fue aprobado el 11 de junio de 2009 y la Agencia para la Calidad del Sistema Universitario de Galicia (ACSUG) certificó el 26 de abril de 2010 que el SGC de la Facultad de Química fue diseñado conforme a las directrices establecidas en el programa FIDES-AUDIT (Certificado Nº 50 /10).
Posteriormente, con fecha 25 de junio de 2018, la ACSUG certificó la implantación del SGC del centro conforme a las directrices establecidas en el Programa FIDES-AUDIT.
Más recientemente, con fecha 4 de abril de 2024, la ACSUG emitió con resultado favorable el Informe de re-certificación de la implantación del SGC en la Facultad de Química, con validez hasta 2029 (Certificado Nº 05/24).